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允英學(xué)術(shù)簡報:AllNGS? 全面綻放 | 提出PIK3CA體系突變是胃癌患者免疫療效預(yù)測潛力新標志
發(fā)布時間: 2022-12-31 14:15:32

    胃癌是全球致死性排行第三的惡性腫瘤疾病,且由于東西方飲食生活習(xí)慣差異,以我國為首的東亞諸國發(fā)病率尤為突出。胃癌具有復(fù)雜的患者組織病理及基因組異質(zhì)性,使臨床患者分層與精準醫(yī)療面臨嚴峻挑戰(zhàn)。因此,有效鑒定不同胃癌患者基因組中潛在共性特征,對指導(dǎo)臨床用藥方案、預(yù)測療效及患者預(yù)后具有重要意義。

    允英醫(yī)療攜手上海市長征醫(yī)院,基于允英自主研發(fā)的高效DNA提取技術(shù)DNAplus?、先進液相雜交捕獲測序AllNGS?技術(shù)聯(lián)合生物信息大數(shù)據(jù)庫分析技術(shù)平臺,開展了科研攻關(guān),并首次報告對于老年或攜帶TP53突變的胃癌患者,存在PIK3CA基因體系突變將導(dǎo)致患者響應(yīng)免疫治療的幾率提升。

    本研究總計入組了288例胃癌患者,其中男性198人(68.8%),女性90人(31.3%)。患者平均年齡60歲,中位年齡61歲,男女隊列年齡無顯著性偏差。所有入組患者均提供腫瘤組織樣本,同時使用允英采血管采集并保存配對血液樣本。樣本中核酸分子經(jīng)DNAplus?提取后,采用允英AllNGS Panel 639?實體瘤全程管理產(chǎn)品,基于Illumina nextSeq550二代測序平臺在組織與配對血液樣本中檢測了與腫瘤發(fā)生、發(fā)展及患者用藥指導(dǎo)、預(yù)后評估相關(guān)的639個基因的全部外顯子與部分內(nèi)含子上所攜帶的基因胚系及體系變異。


    結(jié)果發(fā)現(xiàn),入組患者所檢出突變基因與患者基線間相關(guān)性極為復(fù)雜,為胃癌患者基因組具有高度異質(zhì)性的論點提供了有力支持。值得注意的是,不同年齡段(≥60歲或<60歲)患者間具有不同的突變背景,表明年齡可能是胃癌患者基因組圖譜鑒定的重要影響因素。此外,僅有43.8%(126人)未攜帶TP53體系突變,且其中多達41.3%(52人)的TP53野生型患者中罕見基因組體系突變,表明其腫瘤突變負荷極低,提示TP53可能是胃癌患者分層的一個潛在分子特征。


    隨后,本研究將患者分為TP53突變型及TP53野生型隊列,并檢查了突變頻率最高的20個基因與TP53間的協(xié)同或拮抗突變模式。結(jié)果發(fā)現(xiàn),TP53突變與ARID1A、CDH1、KRAS、LRP1B、PIK3CA突變以及HER2基因擴增表現(xiàn)出統(tǒng)計學(xué)顯著的性相關(guān)(p<0.05)。

    為了深入評估是否可以基于TP53突變特征建立臨床分層管理策略,本研究進一步調(diào)查了TP53突變攜帶者與非攜帶者的腫瘤突變負荷(Tumor mutation burden,TMB)與不同基因突變間的潛在關(guān)系。結(jié)果發(fā)現(xiàn),攜帶PIK3CA突變的患者表現(xiàn)出更高的TMB評分,這一差異在野生型TP53患者隊列中表現(xiàn)得更為明顯。有趣的是,在年齡≥60歲的患者群體中也表現(xiàn)出了PIK3CA體細胞變異與高TMB評分間極為顯著的相關(guān)性。

    上述結(jié)論在包含873名胃癌患者基因組信息的Cbioportal公共數(shù)據(jù)庫中進行了驗證,證實了在以TP53突變狀態(tài)和年齡分組下,CDH1、HER2和PIK3CA與TMB的相關(guān)性。我們進一步對35名曾接受了免疫治療的胃癌患者進行了生存分析,發(fā)現(xiàn)在TP53突變或年齡≥60歲的患者群體中,攜帶PIK3CA突變的患者能夠更好的響應(yīng)免疫治療,患者總生存期相比非攜帶者更長、預(yù)后更好,盡管這一趨勢由于樣本量較小而未表現(xiàn)出統(tǒng)計學(xué)顯著性差異。


    綜上,本研究首次報道了PIK3CA聯(lián)合TP53或年齡特征對胃癌患者免疫療效評估具有潛在貢獻,相關(guān)成果為臨床胃癌患者的分層提供了新的思路與視角,并為指導(dǎo)患者個性化的精準醫(yī)療及免疫藥物獲益性預(yù)測提供了重要參考依據(jù)。
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