結(jié)核分枝桿菌（mycobacterium tuberculosis，MTB）和非結(jié)核分枝桿菌（nontuberculous mycobacteria，NTM）感染的準(zhǔn)確鑒定能夠協(xié)助患者分層與精準(zhǔn)用藥，有效治療與控制肺部傳染性疾病。然而，快速診斷患者屬于MTB或NTM感染，分離樣本菌株、分析致病源抗生素敏感性與耐藥性是現(xiàn)存臨床挑戰(zhàn)之一。

    允英醫(yī)療與上海肺科醫(yī)院合作，采用基于NGS（next generational sequencing）測序技術(shù)方案的允英宏基因組英微探?產(chǎn)品，探討臨床鑒別診斷的一步法策略。研究前瞻性的招募了30名疑似MTB或NTM感染患者，同時采用抗酸桿菌痰涂片、Lowenstein-Jensen（LJ）培養(yǎng)試驗(yàn)、基于qPCR（quantitative real-time polymerase chain reaction）的結(jié)核分枝桿菌DNA（TB-DNA）和RNA檢測（TB-SAT）、BACTEC MGIT 960 快速培養(yǎng)、以及基于酶聯(lián)免疫斑點(diǎn)法的T-SPOT檢測技術(shù)進(jìn)行了檢測，并與NGS一步法檢測策略進(jìn)行了全面對比（圖1）。

    英微探?在30名患者中共檢出25例MTB或NTM陽性，其中，有7例為MTB與NTM共同感染；此外，在所有患者中共捕獲鑒定出7種致病性NTM，較常見的為產(chǎn)粘液分枝桿菌（M. mucogenicum，7例）及膿腫分枝桿菌（M. abscessus，4例）。相比其它方法，NGS檢測結(jié)果陽性率最高（圖2）。

    以MGIT 960結(jié)果作為金標(biāo)準(zhǔn)，NGS策略對MTB與NTM的檢測敏感性高達(dá)95%，一致性也達(dá)到83.35，均高于其它方法（圖3）。

    此外，本研究選用了四種一線抗結(jié)核藥物利福平（rifampicin，RMP）、異煙肼（isoniazid，INH）、乙胺丁醇（ethambutol，EMB）和鏈霉素（streptomycin，STR）以及三種二線藥物阿米卡星（amikacin，AMK）、卷曲霉素（capreomycin，CAP）和氧氟沙星（ofloxacin，OFX），開展MGIT 960藥敏試驗(yàn)鑒定。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在所有17名MTB感染者中，有多達(dá)14人對至少兩種常見抗結(jié)核藥物具有耐藥性。針對NGS一步法診斷策略僅準(zhǔn)確鑒定出其中9人的耐藥亞型結(jié)果，分析原因在于樣本的基因組覆蓋度較低導(dǎo)致的部分耐藥位點(diǎn)未被覆蓋。

    綜上，本研究建立了一種基于NGS平臺的MTB與NTM快速鑒別診斷策略，針對NGS平臺一步法實(shí)現(xiàn)鑒別診斷與菌株耐藥性鑒定的臨床診斷方法，提出了探索性的路徑。